Ao emitir uma NF-e utilizando um certificado para  autenticação (SSL) da consulta diferente do certificado usado na autenticação da assinatura do arquivo digital, é retornada à rejeição "223 - CNPJ do transmissor do lote difere do transmissor da consulta".
Essa o rejeição ocorre quando possui um certificado inválido ou vencido na máquina, juntamente com o certificado usado para assinatura das Notas Fiscais.

Procedimento
Para que não ocorra essa rejeição novamente, recomenda-se a remoção dos certificados inválidos ou vencidos, mantendo-se somente os certificados corretos. Para mais informações sobre Certificado Digital clique aqui.

Após corrigir, basta retransmitir.

Referências
Manual de Integração do Contribuinte - versão 4.0.1 de 27/11/2009.