Quando emitido um MDF-e referenciando um manifesto, e cujo modal não seja igual a 3 (Aquaviário), ocorrerá a rejeição pelo motivo 647: MDF-e só pode ser referenciado por manifesto do modal aquaviário.

Procedimento

Para resolver a rejeição basta validar se o modal está sendo informado igual a 3 (Aquaviário), pois devido à validação da Sefaz, só é possível referenciar um manifesto caso o modal seja informado como 3.

Regra de validação da Sefaz

Referências
Portal do Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais